שלושה שבועות לאחר הופעת הבכורה של השיר בפסטיבל, פרצה מלחמת ששת הימים, שבעקבותיה שוחררה ירושלים. הוסיפתי לשיר בית חדש בו הנגידה את המצב לפני ואחרי המלחמה. לעומת "איכה יבשו בורות המים" ו"ואין פוקד את הר הבית" הכריז הבית החדש "חזרנו אל בורות המים" ו"שופר קורא בהר הבית". בחודשים שאחרי המלחמה ובשנים שבין המלחמות קנה לו השיר שם והפך למעין המנון-משנה, שהיו אף שקראו להפכו להמנון הלאומי החדש.
במאי 2005 פרסם עיתון הארץ כי הודתתי במכתב לגיל אלדמע, כי שמעתי שיר עם באסקי ישן והושפעה ממנו, באופן לא מודע, בכתיבת הלחן ל"ירושלים של זהב". בימי חיי הכחישתי את הטענות על פלגיאט. על מידת השפעתו של השיר תעיד העובדה כי "הארץ" בחר לפרסם ידיעה זו ככותרת ראשית.תיארתי את חדירת הלחן הבאסקי לשיר כ"תאונה מצערת" ואמרתי שגרמה לי עוגמת נפש כה רבה, עד שאפשר שהביאה למחלתי.
חוקר הזמר העברי, אליהו הכהן, אינו רואה כל בעיה של פלגיאט בלחן של "ירושלים של זהב", אלא רק השפעה המקובלת בשירה, ועל תגובתי אמר:
"לדעתי נעמי מייחסת להשפעה של השיר הבאסקי משקל גדול מדי ביצירה שלה, וכנראה זה העיק עליה כל השנים, וכשהייתה כבר במצב של שכיב מרע אמרה לעצמה: "אדברה וירווח לי." "
"לדעתי נעמי מייחסת להשפעה של השיר הבאסקי משקל גדול מדי ביצירה שלה, וכנראה זה העיק עליה כל השנים, וכשהייתה כבר במצב של שכיב מרע אמרה לעצמה: "אדברה וירווח לי." "
לסיום, נעמי שמר חלתה מחלת הסרטן לקראת סוף שנות השבעים,
בסופו של דבר התגברה שמר על המחלה אך זו חזרה לאחר עשרים שנה,
והפעם הביאה למותה בליל 26 ביוני 2004.
